Embora os documentos paroquiais referentes ao lugar datem de 1534, Amareleja já consta nos censos de D. João III (realizados em 1527).
Segundo o que se lê em Portugal Restaurado Luís de Meneses Conde de Ericeira, Lisboa 1751 , já pelas Guerras da Restauração, Amareleja foi vítima de pilhagens de inimigos castelhanos.
Os documentos paroquiais existentes na Torre do Tombo são referentes a 1793. No livro de visitas pastorais, foi lançada uma ordem do Bispo de Beja, em 23 de Dezembro de 1773, para lhe serem enviados os livros de baptismos e matrimónios, livros estes que desapareceram, não permitindo apurar a sua idade.
Várias descobertas arqueológicas como, antas, sepulturas tipo Cromeleque, pinturas rupestres, machados de sílex, vestígios de fundição de metais, sepulturas da Idade do Bronze, sepulturas escavadas na rocha, quase sempre descobertas ao acaso, aquando de trabalhos agrícolas ou de construção de estradas, são sinais evidentes da permanência ou passagem de gerações de tempos muito mais recuados.
Também apareceram vestígios da civilização romana, tais como o pavimento de uma habitação, sepulturas com tampa circular que continham tigelas e fragmentos de lacrimal, moedas do Cláudio, fragmentos de tégulas, pedras de atafona, pedras de moinhos manuais. No Barranco de Valtamujo existem restos de uma ponte romana, que possivelmente daria ligação com outra existente no rio Ardila e perto do porto do Castelo. Esta ponte daria passagem aos moradores das margens de Vale de Navarro onde se encontram muitos vestígios de vida antiga.
No reinado de D. Sancho II, Moura (actual sede de Concelho da freguesia de Amareleja) foi conquistada aos Mouros e estabelecida em senhorio, segundo o regime feudal.
D. Sancho II entregou a Vila de Moura aos cavaleiros da Ordem do Hospital. Estes cavaleiros deixaram assinaladas em Amareleja a sua passagem e presença, podendo ainda as marcas da ordem ser vistas em marcos que possuem a sua