O drama conta a história da fidalga Madalena de Vilhena, casada com dom João de Portugal, dado como morto na batalha de Alcácer-Quibir, assim como o rei Dom Sebastião (1554-1578). Diante disso, Madalena casa-se com Manuel de Sousa Coutinho, nobre português, por quem se apaixonara quando ainda estava casada. Dessa união nasce uma filha, Maria de Noronha.

Madalena atormentava-se constantemente com a possibilidade de o primeiro marido ainda estar vivo e retomar da guerra. Teimo Paes, o escudeiro de dom João, alimentava nela esse temor. De fato, depois de vinte anos, dom João volta a Portugal.

O ponto culminante da peça é a revelação da identidade do nobre português e o desespero que toma conta dos personagens. No desenlace trágico, Manuel Coutinho e Madalena resolvem, para expiação de sua culpa, tomar o hábito religioso.

Durante a cerimônia em que Manuel Coutinho torna-se Frei Luís de Sousa, Maria de Noronha, filha do casal, tomada pela vergonha e pelo desespero, morre aos pés de seus pais.